Часть 1:
Разработка игры началась в 2001 году с создания компанией GSC движка X-Ray, который выдавал весьма качественное изображение и поддерживал почти все современные технологии на тот день. Анонс самой игры состоялся в конце того же года. Сюжет строился по концепции Звёздных врат с постройками ацтеков.Проект получил название «Oblivion Lost» (русск. Потерянное забвение). Однако, такая задумка показалась разработчикам вторичной, к тому требовала проработки множества виртуальных миров, что небольшой фирме было не по силам. Требовалась уникальная для игровой индустрии идея, и в марте 2002 году, после поездки компании GSC Game World в Чернобыльскую зону отчуждения, концепция игры полностью изменилась и стала напрямую относиться к ЧАЭС. Теперь она называлась «Stalker. Oblivion Lost», но очень быстро название было изменено на «S.T.A.L.K.E.R.: Oblivion Lost», так как до этого уже существовала игра «Stalker» и это затрудняло получение компанией GSC авторских прав на название своей игры. Был немного переработан движок, в частности, его графическая часть.Предварительно игру планировали выпустить в конце 2003 года.
Первыми были разработаны две игровые территории. Первый — ранний вариант локации Кордон, ограниченный отвесными скалистими склонами, главной достопримечательностью которого являлся завод, позже вырезанный из финальной версии игры. Один из приближенных к GSC людей отметил, что моделировали локацию, ориентируясь на некоторые местности Крыма. Второй локацией стал НИИ «МедПрибор», который впоследствии был переработан в НИИ «АгроПром».